低温工业冷冻机的运转必须依赖于设备的正常保养，这样才能够较好的提高低温工业冷冻机设备使用年限。不少的低温工业冷冻机换热器由碳钢构成，激光冷水机组，碳钢的热导率为46.4—52.2W﹨(m.K)，但是碳酸盐垢的热导效率为W﹨(m.K)，只有碳钢的1%左右，因此，水垢和其他沉积物就会大大的降低换热器的换热效率，应定期进行保养。
低温工业冷冻机的保养方法中，还有一个是需要特别注意的，那就是在低温工业冷冻机设备中定期的放置缓蚀剂，冷水机组，阻垢剂、杀生剂等来达到金属表面缓蚀，阻垢和杀菌作用，只有正确的对低温工业冷冻机设备进行保养才能够大大提高低温工业冷冻机的使用性能。
与制冷剂直接接触的润滑油，要考虑二者之间的相互影响。如氟里昂一类的制冷剂能溶于矿物油，因而选用的润滑油粘度等级，应比使用不溶性制冷剂的高一个等级，水冷螺杆式冷水机组，以防止润滑油被稀释后不能保证润滑。另外，还应注意混入制冷剂中的少量润滑油会不会影响制冷系统的工作。冷冻机油的絮凝点便是检查混入制冷剂中的润滑油是否析出蜡结晶而使制冷系统堵塞的质量指标。一般来说，制冷剂蒸发温度低的冷冻机，应选用凝点低的冷冻机油，以免被制冷剂携带到制冷系统中的润滑油凝结在节流阀和蒸发器上，影响制冷效率。用氨作制冷剂的冷冻机，所用润滑油的凝点应低于蒸发温度。用氟里昂作制冷剂的，润滑油的凝点可稍高于蒸发温度。
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